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Le répertoire de WebJaxe contient des sous-répertoires avec des fichiers propres à WebJaxe, et d'autres avec des fichiers propres à l'installation locale. Pour mettre à jour WebJaxe, il suffit de recopier les sous-répertoires propres à WebJaxe : config, daxe, design, editeur_config, jaxe, langues, php, serveurtex ainsi que le fichier index.php. Si la base de données doit être mise à jour, l'utilisation sera bloquée jusqu'à ce qu'un administrateur se connecte.